El origen de Chepén se remonta a la época prehispánica, al igual que la mayor parte de las ciudades de la región costera. Su legado histórico está repartido entre las culturas chavín, mochica, wari, chimú e incluso la inca. Cada una de estas culturas dominó el territorio en su momento, siendo sucedidas por otra, conquistadas o simplemente desapareciendo. La mayor influencia cultural en Chepén fue de parte mochica y chimú. En los últimos años, antes de la invasión española, los incas conquistaron la región sometiendo a los chimú, dejando evidencia de su paso en los restos arqueológicos encontrados. Chepén, San Pedro de Lloc y Jequetepeque están considerados entre los lugares de mayor antigüedad e historia en la región de la Libertad. El legado de sus orígenes aún persiste en las pequeñas comunidades campesinas, descendientes de los primeros indígenas que poblaron la zona.