En la época precolombina el territorio era dominado por diversos grupos indígenas como arawacs, tupis y guaraníes. Con el tiempo quienes dominaron la zona fueron los grupos conocidos como Cholones y los Hibitos hasta que se dió la evangelización y ordenamiento por parte de los franciscanos en el siglo XVII. El fundador de la ciudad es José Gaspar López Salcedo, español que llegó al Perú en 1817 y luchó por la causa realista sin éxito por lo que decidió rehacer su vida en Lamas. Informado de un lugar con recursos abundantes emprende el viaje a Chacho y para 1826 con el apoyo de los pobladores deciden ampliar el espacio que ocupaban. Para 1827 se funda el pueblo el 24 de diciembre, día de la Virgen de las Mercedes y se elige el nombre de Juanjui en honor a Juan Huido, un indio que emigró a la zona en épocas anteriores.